香水柠檬由于属于须根系植物，施肥最好以淡肥勤施为好，且以沤制的有机肥液为佳，既呈微酸性，以利于植株吸收，还不会烧伤根系，但在室内养植时，尽量放在阳台处或其他通风处，但建议最好养植在树荫下，既通风，光线又适宜。施肥时每次用沤制的肥液稀释10-20倍左右即可，在生长旺盛期可每次浇水时施用，夏季高温期要稍控制施肥，以春、秋为施肥最佳期。
如果施用化学肥料，可将复合型肥料稀释20倍左右浇施，但不能每次浇水都用，要以10天左右一次为宜。也可用固态的有机肥或颗粒型的化学肥料穴施于盆中，但用量要宁少勿多，以400型的盆中每次施用有机肥200克左右，化学肥料30克左右即可。