大部分净水器是采用阻筛过滤原理渐进式结构方式，由多级滤芯首尾串接而成，滤芯精密度由低到高依次排列，以实现多级滤芯分摊截留污物，从而减少滤芯堵塞和人工排污、以及延长更换滤芯的周期。
还有一种新的设计思路是应用分质流通原理自洁式结构方式，它的设计思想不再是提供尽可能多的空间用于藏污纳污，而是采取分质原理，分离出一小部分洁净水，同时又尽可能让原水照常流通流动起来使污质随水流及时被带走，达到流水不腐。这样既得到了净化水，又不会或不容易在机内沉淀污物，避免形成二次污染和大大减轻滤芯损耗，水质更好更安全又节能低炭。
一般的净水器：
⑴PP棉：5微米孔径滤芯，去除水中的残留之泥沙、铁锈等各种微小杂质。
⑵KDF（铜锌合金体 精密活性碳）去除水中的水溶性铅.汞.砷等重金属，并补充对人体有益之锌元素，集吸附过滤为一体，对水中的游离氯、三氯甲烷的去除率高达96%并进一步清除水中残留之农药。化肥及放射性物质，并有脱色、除异味功效。深层次吸附水中卤代烃及有机物等对人体有害的物质，增加水的甘甜口感。滤芯使用寿命长，去除金属率高达99%。
⑶树脂：针对水质硬度大的地区，将钙镁元素含量较高的硬水，交替转化为软水，避免人体因长期食用硬水而罹患结石病。
⑷抗氧化滤芯：体内自由基是一种氧化的产物，因而通过氧化还原可以将其清除，氧化还原电位最低，效果越好，高能量活化水，具有超低的氧化还原电位，是现有饮用水中最低的，能够很好清除自由基。
⑸抑菌载银后置滤芯T33：使用热带雨林椰壳制成，内部孔径多，可有效抑菌，吸附异味、色素对有机、无机化合物进行深度处理，利用银所
释放的离子，消除感冒病毒及其它致病体。
斑马鱼在原有的基础上多了三次过滤：
⑹UF超滤膜：使用超微孔径高分子材料制成不对称半透膜，呈中空毛细管状，管壁弥补微孔，以自来水压为动力，利用精细分子膜的孔径对液体进行分离的物理筛选过程，孔径为100个纳米，高效去除细菌、病毒及热源体。
⑺AT光波能量转换滤芯 ：根据人体红外光波吸收理论，采用能量为2-20um的红外光波材料，作用水体产生的光波热效应，激励水分子的振动能级，从而激活核酸蛋白质生物大分子活性，恢复机体机能与平衡。
⑻高能高磁双回路长流程磁化滤芯：使用双极双面高磁复化磁钢技术，对闭路循环流动的液体进行多次多位的磁力线切割，高磁通量可达到3000高斯。使水的小分子团化，具有磁记忆，更长时间维持水的活性，是不还原的小分子水。
另外德国斑马鱼还配有近年出现的更为先进的自洁式净水器，机内设计两条通道，增加了一条洗涤水通路，洗涤水和净化水各有一条完整的通道，两者各行其道并让水流动起来，作为平常普通生活用水的洗涤水经过通路时对机内滤芯特别是膜滤芯的原水侧起到冲刷以达到自行清洁的作用，并利用开闭洗涤水龙头的瞬间即头尾两段本来就浪费掉的水将截留的污物及时并快速的排出，此结构设计得比较合理，免去人工拆洗的麻烦。