虾虎鱼基本上生存于浅海环境,主要栖息于近岸潮间带、底质为泥沙或岩礁的浅海区、珊瑚礁和海草牧场;它们也大量存在于海水和河口栖息地,包括河流下游、红树林湿地和盐沼地,少数生活于激流或穴居于泥洞中,如产于东太平洋区域的刺虾虎鱼栖息在沙土的洞穴或者泥泞中。少数种类(还未完全清楚,但少于几百种)可完全适应于淡水环境,其中包括亚洲河流中的吻虾虎鱼(Rhinogobiusspp),澳大利亚沙漠的雷虾虎鱼(Redigobius)以及欧洲的淡水虾虎(Padagobiusmartensii)。 还有一种带有鲜明的蓝色环,产于加勒比海的小虾虎鱼,也喜欢和其他动物同巢共穴。它们往往会充当其他大鱼的清洁工,把它们身上的寄生物吃干净。