一、上部循环过滤（上滤）
这是最常见的过滤方式，大多数成品缸配套的是这种过滤方式。在鱼缸顶部靠近灯管位置有一过滤槽，在过滤槽内可以放置过滤棉、活性炭、玻璃环等，潜水泵将水抽入过滤槽，再由过滤槽底部的出水口流回到水族箱内。上部过滤器的最大优点是清洗方便，当过滤材料很脏时，可以很方便地取出进行清洗。最大的缺点是因空间所限，过滤槽的容积小，放的滤材较少，因而过滤功能较弱。上部过滤系统不适用于种植水草，水流会减少水族箱中二氧化碳的滞留时间，同时过滤器的水流还会将空气中的氧气大量带入水中，水中容氧量增加，会使喜好氧气的藻类大量生长，影响水族箱的观赏效果。
二、内置式过滤（沉水式过滤器）
内置式过滤由潜水泵与过滤槽直接连接在一起，沉在水中，在过滤槽内有一块卷筒状的过滤棉缠绕在一个漏网的圆柱上，在圆柱的内部有许多生物球，便于硝化菌的附着。内置式过滤器的最大优点是声音轻，水流方向可以根据需要进行调节，适应以水草为主的水族箱用。内置式过滤器的出水口有下个连接二氧化碳的入气口，二氧化碳可以经过此口进入水中，二氧化碳经过水流的冲击，可以很均匀地分散到水族箱的每个角落，被水草吸收。但是，机械过滤杂质的效果不如上部过滤器，因为，过滤后的污物，附着在过滤棉上浸在水中，容易造成二次污染。内置式过滤器清洗也很方便，只要将内部的过滤棉取出清洗即可，由于内置式过滤器的表面与水的接触面比较大，它的单位面积的吸水功率小，最适宜小型鱼缸、饲养小型鱼类和鱼类繁殖期间使用，或作为鱼缸的辅助泵造流使用。
三、底沙过滤
用一层较厚的细沙将相连通的、管身锯有细小裂纹的水管埋在缸底，水流在水泵的吸力下经过细沙过滤进入沙底的水管，再被抽至水族箱的上层水面，这种过滤方式常被用在草缸中。 其优点是初期比较美观，但因鱼饵、鱼便积压在沙中无法及时清除，时间长了沙易变黑，积压的有机质、氨氮等超过了硝化系统的处理能力，造成鱼缸水质日益恶化而鱼病不断，整缸清洁时也很麻烦。
四、底缸过滤
在放置鱼缸的桌下有一盛放滤材的小缸， 小缸被分成几格以放置不同滤材，水从缸顶溢下，经过滤材后再被抽回缸内。因盛放滤材的空间大，所以硝化过滤功能强，比较适合饲养中、大型鱼，且清洁、更换滤材便利。但对水泵的功率要求较高，功耗大且噪音较大。
五、背滤/侧滤
在鱼缸的背部或侧部用玻璃隔出一部分做过滤，其内部分成几小格用于放置滤材（或过滤设备）和循环泵，一边设有溢流口，当水泵把水从过滤部分抽向鱼缸时，鱼缸溢出的水通过溢流口流入过滤部分的第一格，在隔板的引导下“从上到下”或“从下到上”流经各种滤材，水从最后一格通过水泵再次送入鱼缸，如此循环。其缺点是挤占了鱼缸空间，影响视觉效果，清洁、更换滤材比较麻烦。