房产增值税的计税依据是纳税人转让房地产所取得的增值额。转让房地产的增值额，是纳税人转让房地产的收入减除税法规定的扣除项目金额后的余额。
1、转让房地产增值额的确定：
土地增值额的大小，取决于转让房地产的收入额和扣除项目金额两个因素。对这两个因素的内含、范围和确定方法等，税法作了较为明确的规定。
2、收入额的确定：
纳税人转让房地产所取得的收入，是指包括货币收入、实物收入和其他收入在内的全部价款及有关的经济利益，不允许从中减除任何成本费用。
3、扣除项目及其金额：
旧房及建筑物的评估价格。
税法规定，转让旧房的，应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税。其中：旧房及建筑物的评估价格是指转让已使用过的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
4、对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的不允许扣除取得土地使用权时所支付的金额。
纳税人转让旧房及建筑物时，因计算纳税需要对房地产进行评估，其支付的评估费用允许在计算土地增值税时予以扣除。但是，对纳税人因隐瞒、虚报房地产成交价格等情形而按房地产评估价格计算征收土地增值税时所发生的评估费用，则不允许在计算土地增值税时予以扣除。
与转让房地产有关的税金指在转让房地产时缴纳的营业税、印花税、城市维护建设税，教育费附加也可视同税金扣除。其中：允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。对于个人购入房地产再转让的，其在购入环节缴纳的契税，由于已经包含在旧房及建筑物的评估价格之中，因此，计征土地增值税时，不另作为与转让房地产有关的税金予以扣除。
出售旧房及建筑物（二手房），首先按评估价格及有关因素计算、确定扣除项目金额，再根据上述方法计算应纳税额。具体计算步骤是：
1．计算评估价格。其公式为：评估价格＝重置成本价×成新度折扣率。
2．汇集扣除项目金额
3．计算增值率
4．依据增值率确定适用税率
5．依据适用税率计算应纳税额
应纳税额＝增值额×适用税率－扣除项目金额×速算扣除系数。
速算扣除数：30%档是0，40%档是5%，50%。