区别之一：各自优点
虹吸式马桶
具有排污能力强，选净面大的特点，所以绝大多数马桶尤其是连体均采用虹吸式。
虹吸式的最大优点就是冲水噪音小，也就是所谓的静音。 虹吸式马桶容易冲掉黏附在马桶表面的脏物。
直冲式马桶
利用被压缩的空气形成的很大的推力，冲水速度快，冲力大，强排污，速度快。
直冲式由于使用的是水流瞬间强大的动能，所以冲击管壁的声音比较大。
后排水多为直冲式。
直冲式马桶的特点就是下水管道直径大，容易冲下较大的脏物，省水。
区别之二：各自缺点
“直冲式”和“虹吸式”是根据其冲水方式而言的，直冲式座便器冲水管路简单，路径短，管径粗，利用水的重力加速度直接将污物冲走，虹吸式的管道走得比较高，较细长（管径越小，虹吸效果越明显，抽水力越大）。从理论上讲，直冲式座便器由于管径较粗因此不易堵塞，但冲水时的噪音较大，虹吸式冲水安静，但由于其管径细较易堵塞，而且用水量也比直冲式稍大，但在实际使用上，一般日常情况下的正确使用是不会堵塞的，实际用水量的大小也跟很多因素有关。
虹吸式马桶
优点：内有一个完整的管道，形状呈侧倒状的“S”，池壁坡度较缓，噪音问题有所改善；缺点：池底存水面积较大，排污过程慢。
直冲式马桶
优点：价格便宜，用水量小，排污效果好，池心存水面积较小；缺点：排污时噪音较大。
区别之三：适合户型
虹吸式马桶
虹吸式马桶的“体型”较“矮胖” ，因此，较适合卫生间面积较大的户型。
直冲式马桶
与虹吸式马桶相比较，直冲式马桶相对来说较“瘦高”，因此，它是卫生间面积比较宝贵的小户型的首选。