马桶的分类标准很多，可按类型、结构、安装方式、排污方向和使用人群来分类，不同类别的马桶有各自的优缺点，适合不同的家居情况。
1. 冲落式马桶
什么是冲落式马桶?利用强力水流(一般为直线进水管)将秽物冲出座便器的冲洗方式。这种马桶，秽物可在冲洗瞬间被快速冲出，洗净效果好，且管路不易阻塞。
冲落式马桶利用水流的冲力来排出污物，为使从便圈周围的分水孔落下的水力加大，通常池壁都设计得较陡;又为使水力集中，存水池面积较小。该种马桶的冲水方式的缺点是冲水噪声大，同时由于水封面积小，易产生积垢。
2. 虹吸式马桶
什么是虹吸式马桶?虹吸式是借冲洗水在马桶/座便器的排污管道(通常称为存水弯道)内充满水后形成的虹吸现象，将污物排走。
虹吸式马桶的结构特点是便器内有一个完整的管道。形状呈侧倒状“s”形，利用给水时的水位差促进虹吸作用的形成，由于不借水力冲走污物，所以池壁坡度较缓，池底也扩大了存水面积，这解决了冲落式噪声过大的缺点。
3. 喷射虹吸式马桶
什么是喷射虹吸式马桶?这是一种虹吸式马桶的改进型，防臭，防溅效果佳。
喷射虹吸式马桶的结构特点是在虹吸式便器的基础上增设一个喷射附道，喷射口对准排污管道入口的中心，喷射口径通常为20毫米。水箱供来的水通过水圈时，部分由分水孔流出清洗池壁后落入池内，部分经过喷射附道由喷射口射出。
喷射虹吸式马桶的作用是借其较大的水流冲力将污物排入排污管道内。同时借其大口径的水流量加速充满排污管道以促进虹吸作用加速形成，由于其喷射流是在水下进行的，因此减少了噪声。
喷射虹吸式马桶在设计上，有意识地扩大了存水面积，限制存水深度，因此防臭、防溅效果佳。
4. 漩涡虹吸式马桶
什么是漩涡虹吸式马桶?这种冲水方式的马桶：防臭，防污效果佳，噪声更小。利用冲洗水从池底排污孔的侧上方喷出形成漩涡，随着水位的增高充满排污管道，当便池内水面与便器排污口形成水位差时，虹吸形成，污物随之排出。
漩涡虹吸式马桶的结构与其他虹吸式马桶基本相似，只有供水管道设于便池下部，并通入池底，这种马桶最大的优点就是利用了漩涡和虹吸两种作用，漩涡使其周围的水面产生强大的向心力，使上面的液体和污物迅速地被卷入漩涡中，又随虹吸的生成而排走。漩涡虹吸式马桶排污过程迅速彻底，防臭、防污效果更佳，噪声更小。