碧玺和水晶根本就是两种不同的矿物：
在珠宝界里碧玺属于中高档宝石，优质的碧玺比钻石还要稀少。水晶则属于一般的宝石。两者的化学成分也不同，碧玺是一种复杂的硅酸盐，水晶是一种无色透明的大型石英结晶体矿物。水晶的主要化学成份是二氧化硅，当二氧化硅结晶完美时就是水晶；二氧化硅胶化脱水后就是玛瑙；二氧化硅含水的胶体凝固后就成为蛋白石；二氧化硅晶粒小于几微米时，就组成玉髓、燧石、次生石英岩。
由于碧玺的化学成分复杂，目前还没有合成碧玺的出现。而合成的水晶饰品则遍布很多市场。1768年，瑞典著名科学家林内斯发现了碧玺受热具有压电性和热电性，因而矿物学名称为“电气石”。水晶则没有这种效应。碧玺的颜色也比水晶丰富许多，细分多达15种复色之多。碧玺的硬度也高于水晶，另外碧玺的磁场是同色系水晶的几十倍至上百倍。
在鉴定方面：碧玺颜色比水晶多很多，水晶你常见到的比如紫晶粉晶茶晶和白水晶，碧玺基本上颜色很全，什么色都有，红色最贵。水晶里紫晶最贵。
其实碧玺和水晶要是你手里有一个偏光镜或者折射仪的话很容易区分的。