一、花纹和颜色
天然玛瑙区别于假玛瑙的最显著标志，是其横断面有同心层纹结构，利用这个标志，整块玛瑙较为容易识别，然而，经切割后的制成品，由于没有整齐明显的图案，则容易认错。但一般来说，有纹带花纹的就是真玛瑙了。真玛瑙色泽鲜明光亮，假玛瑙的色和光均差一些，二者对比较为明显。玛瑙的颜色决定它的价值，古人说：“玛瑙无红一世穷”，玛瑙中以红中有黄，黄中有红，透明如火者为上品，称“火玛瑙”。其红色有正红、紫红、深红、褐红、酱红、黄红等。此外，色红艳如锦的称锦红玛瑙，红白相参的称锦花玛瑙或红花玛瑙。价值贵重的除红玛瑙外，还有绿玛瑙、蓝玛瑙和紫玛瑙以及水胆玛瑙。天然红玛瑙颜色分明，条带十分明显，仔细观察，在红色条带处可见密集排列的细小红色斑点。用石料仿制的假玛瑙烟壶多数在底部呈花瓣形花纹，络成“菊花底”；而染色蓝玛瑙颜色艳丽、均一，给人一种假的感觉。
依玛瑙纹带花纹的粗细和形态还可分为许多种，在《谈荟》中说：“生南方者色正，红无瑕；生西北者色青黑，谓之鬼面。青间以红色如蛛丝者为妙。上有枝叶，俨如柏枝者曰柏枝玛瑙；黑白相间者曰金子玛瑙；肌理纯黑中间白绿者曰合子玛瑙；正视之莹白光彩、侧视之若凝血者曰夹胎玛瑙，最为珍贵。”
没有纹带花纹的玛瑙化学成分单一，就是SiO2(二氧化矽)，叫玉髓。如果在形成过程中玉髓内参杂了蛋白质或隐晶质微粒状石英，就形成了纹带花纹，叫玛瑙。因此凭借纹带花纹可以判断什么是玉髓，什么是玛瑙。但是现在人们一般直接将玛瑙等同于玉髓，这同古代玛瑙的含义是不相符的。严格地说，没有纹带花纹的特征，就不能称玛瑙，只能称玉髓。在没有纹带花纹的“玉髓”中，也有不少是玉石原料。根据颜色的不同，有“红玉髓”、“绿玉髓”(亦称英卡石)、“葱绿玉髓”、“血玉髓”(亦称鸡血石)和“碧玉”等。
玛瑙有自然色的，也有人工染色的。自然色主要有红色、琥珀色和白色。其中，以红色为最好。市面上出售的蓝色、紫色的玛瑙首饰大多不是本色，是经过人工染色的，用几年后就会出现退色。
目前，对于染色玛瑙，新国标的要求并不严格，认为是可以接受的品质改善工艺方法，所以在销售时可不必注明。玛瑙和玉髓有外皮，有粗糙不透明的，也有较细润的，并且呈现杂色。由于天然红玛瑙的颜色大多不鲜艳，所以，玛瑙和玉髓一般要经过热处理改色，一般都是将呈灰色、浅色等不太美丽的自然杂色的玛瑙，染成红、黄、绿、蓝、黑等色。例如，含有二价铁离子的玛瑙和玉髓可用热处理方法使二价铁离子变为三价铁离子，从而使灰色变为红色，由褐红色、酱红色变为鲜红色；蛋青玛瑙经过热处理，由蛋青色变为白色，染色玛瑙色彩柔和，制作出来的饰品才更加漂亮，因此，玛瑙的热处理已成为制作饰品的一个普遍程序。
二、质地
由于玛瑙是在熔融状态下形成的结晶体，特别致密，摩氏硬度为6.5至7级，表面研磨后更为细腻，用小刀刻不上痕迹，因此你不必担心玛瑙饰品被划伤。真玛瑙在硬杂木板上急速磨擦十几下，玛瑙不热，木板却发烫了。
假玛瑙多为石料仿制，与真玛瑙比质地较软，用玉可在假玛瑙上划出痕迹，而真品则划不出。
合成玛瑙的硬度低于莫氏5级，用小刀就能刻出痕迹来。
从表面上看，真玛瑙少有瑕疵，假玛瑙则较多。
某些浇注成型的玻璃制品，玻璃光泽强，表面有收缩而无打磨的痕迹，用放大镜观察可见小气泡，用偏光显微镜观察则在正交偏光下不透光，故完全可与玛瑙、玉髓相区别。
由于玻璃质地十分脆硬，结构排列疏通，缺乏玉的致密和坚韧性，经不起强烈的高速旋刻，因此在玻璃上一般加工不出高浮雕和圆雕饰品。
用10倍放大镜仔细查找有无气泡，那怕只发现一个，即可确认是玻璃，而不是玉。