天然玛瑙和冰花玛瑙的最显著的区别，就是横断面有没有同心层纹结构。然而，整块玛瑙较为容易识别，而经切割后的制成品，没有明显整齐的图案，容易认错。但一般来说，天然玛瑙手感凉，表面像涂了一层蜡，并有蜡的光泽；半透明；硬度在莫氏7级以上，用小刀刻不动；由于它是在溶融状态下形成的结晶体，多为球状(如雨花石)，特别致密，表面研磨后更为细腻，可在硬杂木板上急骤地摩擦十几下，一般真玛瑙不热，木板却发烫；颜色常是多种色彩混杂于一块玛瑙中，形成美丽的花纹、层纹、锦花等绚丽多彩的图案。
假玛瑙除人工合成外，一部分是用美丽优质的石材来充当。其基本特征是：手感固然凉，却没有蜡状感觉和光泽；硬度低于莫氏5级以下，用小刀能刻出痕迹来；砸碎观察断面，除没有玛瑙所具有的层纹外，颗粒较粗，甚至有裂隙，不透明；颜色之间界限分明；不同颜色的比重相差很大，主要是成分含量所致。另外，对一些在假玛瑙表面粘上一层薄薄的有机物，仿佛蜡状光泽的手感也要注意。