1. 将生化棉固定于水泵的入口处，靠水泵强制水流在生化棉内循环，空气依据射流原理混合在水流中增氧。水中的残余饵料、生物排泄物等有机物质均可补吸附于海绵体表。这种鱼缸过滤器是比较常见的，但因为过滤原理过于简单，效果就不是很好，要经常对生化棉进行清洗，相对比较麻烦。
2.一般是密闭式的桶式过滤放置在鱼缸容器外，可根据不同需要放置不同滤材进行不同效果的过滤。这种鱼缸过滤器的清洗比较麻烦，而且价格也很贵，一般只是大型鱼缸才使用这种桶式外置式鱼缸过滤器。
3.顾名思义，这是一种放在鱼缸顶部的鱼缸过滤器。通过小型抽水泵将水族箱内的水抽入已放置过滤层的过滤箱内，水流通过过滤层再流回水族箱中，从而脱除水中所含杂质，起到净化水质的效果。这种鱼缸过滤器是比较适用的，不过因为鱼缸过滤器是放在顶部的，因此会影响人们的视觉效果。