阻止足浴器中细菌危害的根本途径是针对细菌进行的抗细菌处理，从而阻断足浴按摩器中产生细菌的源头，这样才能更全面有效的促进脚部健康。抑菌足浴器中的金属离子接触微生物使微生物蛋白质结构破坏，造成微生物死亡或产生功能障碍。当微量金属离子接触到微生物的细胞膜时，因细胞膜带负电荷而与金属离子发生了库仑吸引，使两者牢固结合，即所谓的微动力效应（Oligodynamic effect）导致金属离子穿透细胞膜进入微生物内与微生物体内蛋白质上的巯基发生反应，使蛋白质凝固，破坏了微生物合成酶的活性，并可能干扰微生物DNA的合成，造成微生物丧失分裂增殖能力而死亡。
此外，银离子还可以破坏微生物电子传输系统、呼吸系统、物质传输系统。由于金属离子一般负载在缓释性载体上，在使用过程中具有抗菌性能的金属离子逐渐释放，而在低浓度下抗菌金属离子就有抗菌效果，因此通过抗菌金属离子的释放，无机抗菌剂可发挥持久的抗菌效果。