二手房个人所得税差额是出售价与房屋原值的差额。
一、按照我国按照《个人所得税法》规定，个人出售自有住房取得的所得（出售价与房屋原值的差额），应按“财产转让所得”项目计征个人所得税，税率为20%。
但在实际操作中，由于部分房屋并不能核实房屋原值，例如此前并非购买商品房所得的福利分房，无法准确计算出差额，即通过出售自有住房取得的所得，因此无法按照20%来征收。对待这类房屋，国家政策为统一按照出售总价的1%征收。
二、也就是说，目前二手房交易个人所得税征收有两种标准，能提供房屋原值的按照出售前后差额20%征收；未能提供房源原值的，统一按照出售总价的1%征收。只有二手房交易满五年，且是唯一住房的才能免征个税。
由于中介往往能帮助售房者压低真实价格进行网签，因此，按照1%的总价征收的税额，往往远低于按照差额的20%征收，因此，很多能够核实原值的房屋，也被当成不能核实原值的房屋，从而按照低于真实交易价格的总价的1%征收，以此达到避税的目的。
三、国务院办公厅在通知中，要求能够核实房屋原值的，应依法严格按转让所得的20%计征。也就是说，这一通知将堵死将能够核实原值的房屋，按照不能核实原值的房屋来征个税的路子，从而增加卖房者的税负。
要充分发挥税收政策的调节作用，“税务、住房城乡建设部门要密切配合”，以堵死这一避税的道路。通知还要求，税务部门要继续推进应用房地产价格评估方法加强存量房交易税收征管工作。